Stiftelsen arbetar enligt särskilt fastställda etiska riktlinjer.
Patienternas och personalens integritet får aldrig ifrågasättas. Sjukhuset ägs och drivs av samhället. Ovidkommande intressen får aldrig påverka sjukvården i någon form. Gåvor, donationer, sponsring eller andra former av samarbete får aldrig innehålla element som inkräktar på sjukvårdens etiska och funktionella ansvar. Stiftelsen är en garant för att verksamheten sker korrekt, effektivt och etiskt.
Stiftelsen har som övergripande mål att "främja barns vård vid Astrid Lindgrens Barnsjukhus". Stiftelsen skall därvid verka för att miljön inom sjukhuset – ur materiell och mänsklig synvinkel – underlättar barnens vistelse på sjukhuset och påskyndar deras tillfrisknande.
Stiftelsen kan också stödja utbildning och utveckling för anställda inom sjukhuset.